1、单位正常补缴：单位确定职工的补缴起止月度、核算补缴金额，向缴存银行填报《补缴申请书》办理补缴核定手续，核定通过后按照补缴核定金额转账付款(付款摘要需备注“单位公积金账号+补缴+起止年月+公积金”)，单位缴款资金到账后，公积金业务系统自动分配、计入职工个人账户。
2、追缴违规提取、缴提取资金退回、军人公积金转入补缴，职工个人需持相关资料先在缴存银行柜台办理补缴核定手续，再按照已核定的补缴金额进行转账付款(付款摘要需备注“单位公积金账号+补缴+起止年月+公积金”)。缴款资金到账后，公积金业务系统自动分配、计入职工个人账户。
3、为避免单位误将正常汇缴办理为全体职工补缴，补缴起止年月不允许大于本单位的实际缴至年月;“封存”状态的职工账户可办理补缴核定与缴款记账业务。
4、单位正常补缴，职工账户最大可补缴金额=(最高月缴存额-月汇缴金额)X汇缴月数。月补缴金额与月汇缴金额合计不得超出缴存政策规定当年最高月缴存额。
5、当月有多次补缴核定、汇缴核定业务同时发生的，补缴、汇缴的付款资金需逐笔分开，应按缴存银行已核定的每笔金额分别逐笔付款，以避免退款情况发生。
6、《住房公积金补缴申请书》涉及职工人数在5人及其以上的，单位应提供电子版。