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R语言绘制精美图形 | 火山图 | 学习笔记
2024-11-10 21:39

一边学习,一边总结,一边分享

R语言绘制精美图形 | 火山图 | 学习笔记

最近的事情较多,教程更新实在是跟不上,主要原因是自己没有太多时间来学习和整理相关的内容。一般在下半年基本都是非常忙,所有一个人的精力和时间有限,只能顾一方面。所以,长时间不更新是很正常的若在看本教程的你,若有愿意分享的教程,可以投稿,我们也欢迎投稿。

今天,来分享一下近两天自己的学习笔记。火山图,此图也是实用性很强,80%的同学应该可以用得到,今天分享的只是学习笔记的一部分,后面会逐渐完善。既然是学习笔记,那么我们也有参考的教程,我们也会再文末附上参考的教程,大家也可以直接到对应教程中学习。

 
 
 

使用对添加数据,用于后续的分析

 

对数据进行和分类 分类标准

  1. P值小于0.05
  2. |logFC| >= 1 筛选标准可以进行自己的需求进行设置
 

添加基因名,用于后续的火山图显示基因名使用

 

可根据自己需求进行设置,或是统一在这里设置即可。

 
 

难点代码解读

1.增加横竖线条

添加垂直辅助线,表示辅助线的位置,表示线的类型(虚-实,表示线的颜色,表示线的粗细

添加水平辅助线,表示辅助线的位置,表示线的类型(虚-实,表示线的颜色,表示线的粗细

在上面的图形中,火山图中所有的使用进行修改

 

调整X轴的取值范围 有时候,我们在绘制火山图时,会出现X或Y轴坐标较大的现象,对火山图整体美观性较差,那么适当限制基因调整图形美观.

 

使用函数进行修改

 

使用绘图最方便就是修改图形或调整图形很方便,但是很多时间都需要我们自己不断的练习,加深自己印象。 使用修改图中标题和图例

 

使用一下命令添加标记基因名字

 
 

 

解读

 
  1. X轴、Y轴字体调整/ 、、表示;颜色、大小、加粗
  2. 图例

该教程在前面的文章中已经发出,感兴趣的可以自己查看。教程链接差异表达基因火山图绘制

 

把各列数据整理成画图所需的格式

 
 
 
 
 

 

 

 

 
 

需要重新进行调整坐标信息,此坐标位置,可以根据自己需求进行调整

 

通过添加信息即可实现此功能

 

 
 

 
 

 

修改显示颜色

 

使用进行修改颜色

 

或你有相关GO注释文件,你可以提供给相关的数据,进行绘制。

在这里,我们不在演示,若你需要,可以根据原文的方法进行绘制图形。

 

本教程参考链接:<学习者可以直接访问原文链接>

  1. https://mp.weixin.qq.com/s/wkUxY_zzYnCDwAPD0btHow
  2. https://mp.weixin.qq.com/s/R6yb-sFKRkzGuACs61TbsQ
  3. https://mp.weixin.qq.com/s/TWI-Tt741Gqe9ERzZr23yg
  4. https://mp.weixin.qq.com/s/yVahDcmuUU7cPikTt4ahNg

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